在萨托无能为力的情况下，尅娜盖策划了一个计划。然而，在这一计划得以实现之前，它已经开始在接缝处裂开，AA金极端主义者行动起来，萨托可怕的真实形式变得众所周知。第二波“净化”开始，石丸、樱井、甲斐、李等要员按照暗杀名单的顺序相继殒命。面对恐怖分子的嚣张气焰，日本政府摆出了决不妥协的强硬姿态，势要和恐怖主义抗争到底。警察、对亚特选群、自卫队、美国国防总省以及亚人管理委员会工作人员户崎（樱井孝宏配音）和高中生亚人永井圭（宫野真守配音）全部被卷入这一系列事件中。身为亚人的恐怖主义者佐藤（大冢芳忠配音）计划结束第二波“净化”后，马上展开第三波恐怖活动。圭仔细推敲着佐藤的策略，终于发现其中不易察觉的破绽。史上最强大最为凶恶的恐怖主义，他们真正的目标究竟是什么？在第二季最后一集的时候发现佐藤的头被ibm打下来了，但他没有失忆，他还记得永井圭，但说话的语气明显变了...
